Форум Chemtable Software

Скачал программу - очень понравилась.
Не хватает только шедулера, который бы автоматически запускал
проверку реестра в фоне.

В Reg Organizer есть поддержка параметров командной строки. Поэтому можно настроить его так, чтобы он автоматически запускался и проводил проверку реестра. Более подробно о запуске из командной строки - в справке.